La Iglesia de San Francisco, en el barrio del mismo nombre junto a las Calles del Arroyo Mina y de la Virgen, data de 1532. Es de estilo gótico de transición. Fue en este edificio donde se instituyó la Universidad de Alcázar, que desapareció tristemente con la desamortización de Mendizábal en 1835.
La vinculacion de la ciudad de Alcazar de San Juan con el autor de El Quijote ha sido siempre foco de polemicas a la vez que constatada por diversas evidencias. En la Iglesia de Santa Maria la Mayor de Alcazar de San Juan se conserva una partida de bautismo a nombre de Miguel, hijo de Blas de Cervantes Saavedra y Catalina Lopez, fechada a 9 de noviembre de 1558.